Nejprve si pro jistotu vytvořte zálohu svého adresáře /var/lib/mysql/.
sudo mkdir /home/<your username>/mysql/
cd /var/lib/mysql/
sudo cp * /home/<your username>/mysql/ -R
Dále vyčistěte MySQL (tímto odstraníte php5-mysql a phpmyadmin a také řadu dalších knihoven, takže buďte připraveni znovu nainstalovat některé položky po tomto.
sudo apt-get purge mysql-server-5.1 mysql-common
Odeberte složku /etc/mysql/ a její obsah
sudo rm /etc/mysql/ -R
Dále zkontrolujte, zda jsou vaše staré databázové soubory stále ve /var/lib/mysql/, pokud nejsou, zkopírujte je zpět do složky a poté použijte root:root
(spusťte je pouze v případě, že tam již soubory nejsou)
sudo mkdir /var/lib/mysql/
sudo chown root:root /var/lib/mysql/ -R
cd ~/mysql/
sudo cp * /var/lib/mysql/ -R
Dále nainstalujte mysql server
sudo apt-get install mysql-server
Nakonec znovu nainstalujte všechny chybějící balíčky, jako je phpmyadmin a php5-mysql.