Musíte namapovat kontejnerový port 3306 na preferovaný port TCP (vašeho serveru):
-p <host_port>:<container_port> (map container_port xx on host_port yy)
Tedy pro vaše mysql
docker run --detach --name=test-mysql -p 52000:3306 --env="MYSQL_ROOT_PASSWORD=mypassword" mysql