Podle jedné z odpovědí na toto otázka, váš problém může být způsoben změnami v MySQL 5.6 (viz poznámky InnoDB na http://dev.mysql.com/doc/relnotes/mysql/5.6/en/news-5-6-20.html ):
Pomůže, když změníte innodb_log_file_size na něco většího než 50 milionů? (Změna této proměnné vyžaduje několik kroků, aby fungovala správně: