Chyba je velmi jasně vysvětlena ve zprávě s upozorněním, ignoruje váš my.cnf .
Zkuste provést následující a potom restartujte server
chown mysql:mysql /etc/mysql/my.cnf
chmod 600 /etc/mysql/my.cnf
Tím nastavíte vlastníka souboru na mysql a oprávnění 600 poskytne pouze uživateli mysql přístup ke čtení a zápisu do souboru, zakáže přístup všem ostatním uživatelům.