Výkon dotazování ve dvou databázích mysql na stejném serveru?

Ne. V MySQL jsou "databáze" v podstatě jen katalogy, které nemají žádný vliv na způsob ukládání nebo dotazování dat.

Dotazování dvou tabulek v různých databázích je stejné jako dotazování dvou tabulek ve stejné databázi z hlediska provádění dotazu.