Měl stejný problém.
Nainstalujte MySQL Workbench
Proveďte tento dotaz:ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY '123456789';
v MySQL Workbench
Vraťte se na Node.js a zkuste soubor spustit znovu. Mělo by to fungovat, alespoň mně to fungovalo.