Základem je, že musíte ukládat značky tak, jak se zobrazují v prvním případě. Je to dobré pro kontrolu, zda tag existuje (protože v druhém případě pro existující tagy by vaše databáze vrátila tolik řádků, kolik je těch vzhledů tagu) a dobré pro načítání položek podle tagu (vybrat ID položky podle jednoho ID tagu je lepší než vybrat položku id pomocí sady tag_id, která má stejný reprezentativní význam).
Pokud jste si popálili prsty kvůli indexování - měli byste vždy zkontrolovat, jak se dotaz provádí (pro mysql je to EXPLAIN/DESCRIBE SELECT ).