Nedokážu si představit žádný dobrý důvod, proč to musíte vypnout.
Pokud potřebujete vložit jakýkoli záznam s vlastním id
AUTO_INCREMENT
není překážkou.
http://sqlfiddle.com/#!9/4d413/1
CREATE TABLE t1 (id int NOT NULL AUTO_INCREMENT, PRIMARY KEY (id));
INSERT INTO t1 VALUES (23);
INSERT INTO t1 VALUES (null);
Proč jej tedy potřebujete vypínat?