Vícenásobný výběrový dotaz PHP PDO konzistentně vynechává poslední sadu řádků

Myslím, že příliš komplikujete věci se smyčkou do/while.

Zkuste místo toho jednoduchou smyčku while:

$pdo = /* connection stuff here */
$sql = "select 1; select 2; select 3; select 4;";
$statement = $pdo->query($sql);

while($rowset = $statement->fetchAll()){
    //do stuff

    $statement->nextRowset();
}

Toto bude pokračovat ve smyčce, zatímco sada řádků nebude mít false hodnotu, která by pak měla fungovat přesně podle očekávání.