Nejprve musíte místo id použít třídy pro své výběry. jQuery vrátí pouze jeden prvek, když použijete id. Poté následující funkce převede všechny hodnoty výběrů, které zadáte jako parametr, jako pole.

/**
 * Convert select to array with values
 */    
function serealizeSelects (select)
{
    var array = [];
    select.each(function(){ array.push($(this).val()) });
    return array;
}

Takže:

var course_ids = serealizeSelects($('.course_id'));

Mělo by se například vrátit:

[1,3,2]