Skutečnost, že vaše počítání trvalo hodinu, naznačuje, že používáte InnoDB (který tato data neukládá do mezipaměti).
Stav tabulky jako takový je přibližný odhad založený na jiných faktorech a nelze mu věřit.
Count(*) by bylo přesné, ale bylo by těžké na něj čekat.
Z dokumentu :