select project_id, service_id, count(*) as count
from tbl group by project_id, service_id
order by count(*) desc
Stačí přidat service_id do vaší group by a select seznam. To by mělo stačit.
UPRAVIT -
Podle komentáře od @Rajah zdá se, že pro váš očekávaný výstup musíte použít
order by project_id asc, service_id asc