Vyberte prvních N *skupin* pomocí mysql

Místo toho to udělejte jako spojení:

SELECT T.*
FROM T join
     (SELECT DISTINCT COMPANY_ID
      FROM T
      ORDER BY 1 DESC
      LIMIT N
     ) TN
     on TN.COMPANY_ID = T.COMPANY_ID;

Explicitní spojení často fungují lépe než in v where doložka.