Na windows mi fungoval následující příkaz:
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin>mysql_upgrade.exe -u root -p --force
Pokud není heslo uživatele root nastaveno, možná to bude nutné provést před spuštěním výše uvedeného příkazu:
mysql> NASTAVIT HESLO PRO 'root'@'localhost' =PASSWORD('něco');