MySQL udržuje jedinou sadu vyrovnávacích pamětí pro všechny databáze. Pokud jde o výkon, nezáleží na tom, zda jsou tabulky v různých databázích.
Váš případ použití je boderline, ale zdá se, že jde o rozumný případ pro agregaci dat ze samostatných databází.
S touhle architekturou bych byl ale opatrný. Pokud vaše aplikace začnou sdílet více než jen několik tabulek, zeptejte se sami sebe, zda jsou tyto aplikace skutečně odlišné aplikace, nebo spíše moduly stejné aplikace. V druhém případě by mi dávalo smysl mít všechny tabulky v jedné sigle databázi.
Pokud máte obavy o bezpečnost, vezměte prosím na vědomí, že většina přístupových práv může být udělena po jednotlivých tabulkách (nebo dokonce po sloupcích) .