V mém případě se tato chyba objevila konkrétně s prázdným hodnoty geometrie v nenulovém sloupci geometrie.
V mém případě byly prázdné geometrie legitimní případy neznámé geometrie, takže jsem to vyřešil tak, že jsem změnil sloupec tak, aby umožňoval nulové hodnoty, a poté jsem spustil UPDATE ... SET geom = NULL WHERE IsEmpty(geom);
Poté jsem byl schopen znovu spustit mysqldump a úspěšně importovat výsledný SQL do samostatné databáze.
(Abych byl upřímný, nejsem si jistý, jak se tam ty hodnoty prázdné geometrie vůbec dostaly – neznám ani syntaxi pro vytvoření prázdné hodnoty geometrie)