Získejte data MySql a uložte je do pole Javascript

while($row= mysqli_fetch_assoc($dbcon,$result)){
    $data[] = array("lat"=>$row["geo_lat"], "lon"=>$row["geo_long"], "value"=>1);
}
echo json_encode($data);

by vám mělo přinést to, co hledáte. při vytváření dat pro json_encode použijte nativní typy php místo json, nechte json_encode, aby se o to postaral