Je to způsobeno neshodou verzí.
V mém systému jsem měl MySQL Connector 6.9.6. Vydávání příkazu v NuGet Package Manger Console:
Install-Package MySql.Data.Entity ve výchozím nastavení nainstaluje verzi 6.9.8. Váš konektor musí odpovídat skutečné verzi balíčku NuGet. Aktualizovanou verzi konektoru si můžete stáhnout z:https://www.mysql.com/products/connector/
Zde vyberte "Ado.net driver for MySQL" a stáhněte si odpovídající verzi (v tomto případě 6.9.8). Znovu otevřete Visual Studio a průvodce nyní nespadne. Není vyžadován restart.