Tato chyba nemá nic společného s php.ini, je to zjevně chybová zpráva z DBMS.
Můžete zvýšit hodnotu max_allowed_packet v souboru my.cnf:
[mysqld]
max_allowed_packet = 128M
Po restartování vašeho mysqld by to mělo fungovat (pro větší data zvyšte hodnotu více)
Pokud se pokusíte "importovat pomocí putty", předpokládám, že používáte mysql z příkazového řádku, v tomto případě můžete spustit mysql s parametrem --max_allowed_packet, např.:
mysql --max_allowed_packet=128M -u root -p sampledb < dump.sql
Alternativně, pokud získáváte soubor ze spuštěné relace mysql, můžete parametr nastavit pomocí:
set global max_allowed_packet=128M;
pouze poslední příklad je účinný do dalšího restartu mysqld, pro trvalé řešení se držte mého prvního příkladu.