Po nočním spánku jsem našel následující řešení.
set @p = GeomFromText('POINT(23.923739342824817 38.224714465253733)');
select municipalID FROM ecovis.municipal_border
where ST_Contains(municipal_border.boundary, @p);
Funguje pro MySQL 5.6.1, kde předpona ST_ I když nemám žádná měření z klasického přístupu (rentgenový algoritmus), věřím, že je to docela rychlé. K nalezení bodu ve 2700 polygonech potřebuje 0,17 sekundy, přičemž některé polygony mají mnohem více než 1500 bodů.