nuke_users modul exportuje funkci, která po zavolání vrátí Model . Protože tuto funkci nevoláte, nevrací Model , a proto funkce, kterou hledáte, neexistuje.
K volání této exportované funkce byste museli předat sequelize instance a DataTypes , jak tak:
var User = require('../models/nuke_users')(sequelize, DataTypes);
Ve vašem případě používáte zavaděč v index.js a exportuje db objekt, který obsahuje modely označené jejich jménem.
var models = require('../models'); // loads index.js
var User = models.nuke_user; // the model keyed by its name
User.findOne(...); // search the model