Můžete vytvořit novou prázdnou tabulku, ručně přesunout data po částech (INSERT do new, DELETE ze staré určitý počet řádků), starou tabulku zrušit a novou tabulku přejmenovat. V podstatě to, co dělá MySQL, ale přesouvání dat místo jejich kopírování, což by vám mělo umožnit využít méně místa.
