Narazil jsem na tuto chybu a bylo to kvůli odmítnutí SELinuxu. /usr/bin/httpd neměl oprávnění k připojení k portu 3306. Problém jsem opravil pomocí:
setsebool httpd_can_network_connect_db on
Zdá se, že funguje skvěle a mělo by být bezpečnější než jen deaktivace SELinuxu. Jak Avinash Meetoo uvádí níže, můžete použít:
setsebool -P httpd_can_network_connect_db
Aby změna selinuxu přetrvávala i po restartu.