Ok vyřešil jsem. Ručně jsem vložil mysql-connector-java-5.1.18-bin.jar
v mé složce sdk:
file:///opt/appengine-java-sdk-1.6.0/lib/impl/
Změny chyb v pohodlnějším:
java.sql.SQLException: Access denied for user 'root'@'localhost' (using password: YES)
Nicméně děkuji za návrhy