Máte JAR pekelnou situaci.
Z jakéhokoli důvodu tato závislost
<dependency>
<groupId>org.springframework</groupId>
<artifactId>spring-hibernate3</artifactId>
<version>2.0.8</version>
</dependency>
který má org.springframework.orm.hibernate3.annotation.AnnotationSessionFactoryBean třída skrývá org.springframework.orm.hibernate3.annotation.AnnotationSessionFactoryBean třídy, tzn. stejný název, v této závislosti
<dependency>
<groupId>org.springframework</groupId>
<artifactId>spring-orm</artifactId>
<version>3.2.4.RELEASE</version>
</dependency>
A tato třída nemá setPackagesToScan metoda. Zbavte se spring-hibernate3 závislost. spring-orm by mělo být více než dost. Můžete si stáhnout zdroj zde
a přesvědčte se sami.