Pro tento konkrétní případ byl problém vyřešen s následujícími úpravami:
1) Nastavil jsem počáteční řazení při vytváření cílové databáze na utf8_general_ci ,
2) Přenesl jsem soubor v textovém režimu přes WinSCP,
3) přidal jsem SET NAMES 'utf8' COLLATE 'utf8_general_ci'; na začátek výpisu SQL.