JDBC neprovádí příkaz SHOW DATABASES

To není nejlepší způsob, jak získat seznam databází v JDBC. Zde je způsob, jak se to dělá - pomocí MetaData

Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
Connection con = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://localhost/:3306","root","password");
DatabaseMetaData meta = con.getMetaData();
ResultSet resultSet = meta.getCatalogs();
while (resultSet.next()) {
   String db = resultSet.getString("TABLE_CAT");
   model.addRow(new Object[] {db});
}
resultSet.close();
con.close();

Viz také:jak získat seznam názvů "Schema" databází MySql pomocí java JDBC