To je tradiční omezení MySQL Workbench. V jedné instanci MySQL Workbench nemůžete otevřít 2 modely současně. Na některých platformách (jako Windows) však můžete otevřít více instancí (jen buďte opatrní při změně nastavení, připojení atd., protože jsou sdíleny mezi všemi instancemi, poslední uložení vyhrává).
Ve Windows možná budete muset nejprve povolit více instancí změnou nastavení v Edit > Preferences > Others (tab) :
