Můžete použít
SET GLOBAL LOG_WARNINGS = 0
pro vypnutí protokolování a
SET GLOBAL LOG_WARNINGS = 1
abyste jej znovu zapnuli. Můj osobní návrh je zabalit problematický dotaz do těchto, spíše než jej nastavovat globálně, abyste mohli sledovat, zda problém způsobují i jiné dotazy.
Všimněte si, že starší verze MySQL toto nepodporují.