Ukázalo se, že problém je v klenotu mysql2. Dělá to opravdu úžasnou věc ...
V podstatě nahrazuje výchozí hodnotu wait_timeout přibližně 25 dní (2147483s) svou vlastní hodnotou wait_timeout (pravděpodobně verze wait_timeout relace), kterou připojení používá, v podstatě přepíše jakékoli nastavení, které zadáme na serveru.
Nastavením hodnoty wait_timeout: v config/database.yml timeout funguje jak má. Když však dojde k přerušení připojení, zobrazí se chyba „server mysql odešel“.
Zadáním doprovodného opětovného připojení:true možnost v database.yml, pokaždé, když je připojení znovu použito, časovač připojení se resetuje, ALE poté používá přímo nastavení GLOBAL wait_timeout z mysql
Doufám, že to někomu pomůže