Knihovna R mysql závisí na libmysqlclient/libmariadbclient. Chybějící caching_sha2_password se zdá být indikátorem toho, že není nainstalována stará verze mysqlclient nebo libmariadbclient. Teprve nedávno bylo do mariadb (3.0.8) přidáno caching_sha2_password
Alternativa, jako je tato odpověď , je změnit uživatele v mysql tak, aby používal jiný mechanismus ověřování:
Nastavíte uživatele zpět na mysql_native_password:
ALTER USER 'username'@'localhost'
IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY 'password'
Chcete-li toto nastavit jako výchozí pro všechny nově vytvořené uživatele, změňte nastavení my.cnf/my.ini default_authentication_plugin=mysql_native_password