Nalezen problém. Ve výchozím nastavení má h2 toto nastavení nastaveno na true DATABASE_TO_UPPER . Nastavením na hodnotu false se data uloží podle očekávání. Takže ve svém příkazu INIT (před ním) jsem zadal:
jdbc:h2:mem:~/test;DATABASE_TO_UPPER=false;INIT=runscript from '~/schema.sql'
Nyní se tabulky vkládají ve správném případě