Existuje základní problém s dostupností databáze (MySQL) pro web. S MySQL ji můžete nakonfigurovat tak, aby vyžadovala ssh-tunely nebo ssl-certifikáty, které oba brání odesílání hesel jako prostý text. Obecně budete muset napsat jak svůj klientský software, tak i serverový software, který je umístěn na serveru blízko databáze (a protokolu mezi klientem/serverem).
Ani jedno není správnější než druhé, ale v závislosti na vaší databázi (a vašich klientských počítačích) může ovlivnit náklady na licence.
Normálně by váš klient ověřoval uživatele pomocí serverového softwaru, který budete psát, a serverový software by pak ke kontaktování databáze používal jediné přihlášení k databázi.