Přiřazujete stejný name="deletetask" pro každé zaškrtávací políčko. Když tedy odešlete svůj formulář, obdržíte pouze poslední vybraný deletetask hodnota. Takže tady je vaše chyba
<input class="checkbox" name="deletetask" value=
Mělo by být
<input class="checkbox" name="deletetask[]" value=
Musíte tedy přejmenovat deletetask na deletetask[] takže vaše zaškrtávací políčka jsou odeslána jako pole a poté proveďte něco jako
$todelete = $_POST['deletetask'];
//or $_GET, if you are submitting form through get. But I would recommend you using POST
$stmt = $pdo->prepare("DELETE FROM table WHERE id = ?");
foreach ($todelete as $id)
$stmt->execute($id);