Rozdíl je v tom, že požadujete, aby mysql počítal každý řádek ve vašem příkazu, místo aby jej pouze vysypal. Pointa withCount není v tom, že je rychlejší, ale má lepší paměť, pokud vše, co potřebujete, je počítat.
Mám například vztah k tisícům položek bohatých na data. Pokud použiji pouze s a pak se pokusím spočítat výsledky, php dojde paměť, kdy budu mít příležitost to spočítat. Pokud použiji withCount, vrátí se pouze jedna položka, která mi řekne, kolik položek tam je, takže není žádná daň na paměť php, ale veškerá práce se provádí na serveru SQL.