Už jsem tento problém měl. Vlastnost ConnectTimeout se vztahuje pouze na časové limity, ke kterým dochází při připojování k databázi, nikoli na dotazy.
Časový limit příkazu nicméně určuje, jak dlouho má čekat na návrat dotazu. Věřím, že výchozí hodnota je 30 sekund. Dvakrát zkontrolujte dokumentaci vaší knihovny MySql, ale pro SqlCommand je CommandTimeout v sekundách, nikoli v milisekundách.