Pokud vím, nemůžete přímo předávat proměnné do skriptu MySQL. Nejlepší, co můžete udělat, je nastavit uživatelské proměnné ve skriptu shellu. Něco jako:
passed_var1=$1
passed_var2=$2
mainsql=script.sql
mysql $(usual_parameters) -e "set @user_var1=$passed_var1; set @user_var2=$passed_var2; source $mainsql"
Upravte samozřejmě pro skutečné použití.