Ne, aktuální verze (5.2.10 beta) to nepodporuje.
Formát souboru však není proprietární - jedná se o jednoduchý archiv zip. Obsahuje jeden XML dokument, který je kompletním databázovým modelem. Napsal jsem tuto otázku SO
před pár měsíci se stejným cílem, jaký máte vy. Chtěl jsem umět udělat svn diff model.mwb
Odpověď, kterou jsem tam dostal, mi pomohla napsat malý skript, který rozbalil soubor, než jej předal nástroji diff. Fungovalo to slušně a pokud budete mít zájem, mohu to někam umístit.
Nedávno jsem také založil vlákno na fóru Workbench o této problematice. Doufejme, že někdo z vývojového týmu k tomu může poskytnout více informací.
EDIT:nyní je sledován chyba MySQL #51203 s cílem 6,0.