Právě jsem strávil hodinu nad stejným problémem; Pravděpodobně jste udělali stejnou chybu jako já.
Problém pro mě byl v .yml definice schématu. V sekci, kde jsem definoval vztahy mezi mými tabulkami, jsem měl tuto cílovou entitu:
targetEntity: mlEmailNotif
místo
targetEntity: MlEmailNotif
Takže malé písmeno 'm' způsobí, že doktrína vytvoří nový alias pro novou tabulku (porovnání php rozlišuje malá a velká písmena).