Jak správně implementuji tento dotaz mySQL do souboru PHP a zobrazím výsledky?

Kdykoli používáte funkce pro sloupce, musíte jim přiřadit alias. Důvodem je to, že ve funkci můžete používat mnoho sloupců a MySQL nebude automaticky vědět, který z nich použít pro výstup jednoho sloupce, a vygenerovalo by vám název sloupce podobný funkci, kterou jste použili.

Řešení, na které jste narazili, je naprosto platné. Pro účely čitelnosti se však doporučuje používat aliasy a názvy sloupců.

Váš dotaz by tedy měl znít takto:

SELECT 
    SUBSTRING(LEFT(configuration,
            LOCATE('abhol_firma', configuration) - 30),
        LOCATE('treuhand_betrag', configuration) + 22,
        100) as configuration   /* note the alias here */
FROM
    tl_iso_product_collection_item
WHERE
    LOCATE('abhol_firma', configuration) > 0
        AND LOCATE('treuhand_betrag', configuration) > 0
ORDER BY id DESC
LIMIT 1