Musíte pouze vyloučit ty, kteří jsou přímými přáteli i přáteli přátel. Přeuspořádal jsem aliasy tabulek, takže je o něco jasnější (alespoň pro mě), co se načítá:
SELECT
u.*
FROM
user u
INNER JOIN friend ff ON u.user_id = ff.friend_id
INNER JOIN friend f ON ff.user_id = f.friend_id
WHERE
f.user_id = {$user_id}
AND ff.friend_id NOT IN
(SELECT friend_id FROM friend WHERE user_id = {$user_id})
Odstraňuje také potřebu vyloučit dotazované ID uživatele.