Našel jsem řešení:
Namísto použití jednorázových událostí a jejich opětovné aktivace s novým časem začátku (který funguje perfektně, pokud je zapojena pouze jedna událost), nyní vytvářím opakující se události a upravuji ty v jejich těle. Tedy například pomocí
ALTER EVENT `bot1`
ON SCHEDULE EVERY 52 MINUTE;
ve svém těle robot nyní usne na 52 minut. S touto metodou funguje i více událostí podle očekávání a nezávisle na sobě.
Stále nevím, jaký je problém s prvním pokusem, ale nejdůležitější je mít funkční řešení :)