Teoreticky ano. Prakticky nejprve potřebujete získat (nebo si sami vytvořit) třídu odvozenou z System.Data.Entity.Migrations.Sql.MigrationSqlGenerator která bude zodpovědná za generování SQL pro MySQL. Zde
je více o přizpůsobení (nebo přepsání) generování SQL.
Můžete také počkat, až vývojáři EF podporující poskytovatele ADO.NET zahrnou tuto funkci do svých balíčků. Například Devart již začal pracovat na podpoře migrací pro jejich Oracle, MySQL, PostgreSQL a SQLite.