Seřaďte data podle PRIMARY KEY . Je pravděpodobné, že bude rychlejší seřadit 40GB soubor pomocí příkazu sort, než nechat to udělat MySQL.
Nastavte innodb_buffer_pool_size na přibližně 70 % dostupné paměti RAM. Kolik máte RAM?
Mějte PRIMARY KEY již na stole.
Nemají žádné sekundární indexy ani FOREIGN KEYs nebo Spouštěče. Přidejte je později. Ano, chce to čas.
Potvrďte, že budete skutečně potřebovat všechny tyto indexy.
Data by mohla být mírně zmenšena výběrem menšího než 10bajtového DECIMAL(20,6) .