Nakonec jsem našel odpověď, když jsem zjistil, že jiný skript, který jsem mnohokrát úspěšně spouštěl, již nefunguje.
Změnil jsem řazení v mé databázi z utf8_general_ci na utf8_bin. V MySQLdb 1.2.3 je chyba, která způsobuje, že řetězce utf8_bin nejsou rozpoznány jako text, takže konverze unicode neprobíhá. Toto bylo opraveno v MySQLdb 1.2.4.
https://sourceforge.net/p/mysql-python/bugs/289/