Tyto otázky skutečně závisí na vaší situaci a věřím, že jste identifikovali dva hlavní problémy s centrálním řešením DB – takže ano, máte právo být znepokojeni.
Osobně bych rozhodnout se pro synchronizaci dat se servery pomocí cronu (nebo jakékoli metody, kterou si zvolíte) – snížení nákladů na hardware a doby načítání stránek. Toto je pro mě techničtější řešení, ale z hlediska jeho výhod (rychlejší načítání stránek, žádná závislost na centrální DB, nižší náklady) je to správné řešení.
Alternativně můžete vždy nastavit malou databázi MySQL na vzdáleném serveru a vytvořit několik testovacích webových stránek a spustit nějaké benchmarky, což vám poskytne nějaké údaje o tom, zda jste spokojeni s časy načítání.