mySQL součet dvou hodnot ve 2 různých tabulkách

Musíte UNION dvě tabulky:

SELECT reference, SUM(quantity) AS total_quantity
FROM (
  SELECT reference, quantity
  FROM table_1

  UNION ALL

  SELECT reference, quantity
  FROM table_2) AS t
GROUP BY reference

Tímto způsobem máte zaručeno, že získáte záznam pro reference hodnotu, i když je obsažena pouze v jedné ze dvou tabulek.