Vím, že jste pravděpodobně odpověď vzdali, ale...
Myslím, že zjistíte, že většinu času navíc představuje načítání a kompilace PHP skriptu. pokud vaše předchozí aplikace byla modulem Apache, pak je předkompilovaná a vždy načtená, pravděpodobně napsaná v c, takže velmi rychle ve srovnání s PHP.
Zkuste použít akcelerátor php, jako je eaccelerator. který používá sdílenou paměť a předkompilované skripty, aby někdy dramaticky zlepšil výkon aplikací PHP.
DC