Mnoho, mnoho věcí může způsobit tuto chybu . Podle mých zkušeností je to obvykle soubor SQL větší než 1 MB, nebo pokud je wait_timeout na vašich serverech my.cnf nastaven velmi nízko (šedesát sekund), je třeba správně vyladit. Při nasazování my.cnf vyzkoušejte wait_timeout 86400 a max_allowed_packet „dost“ k importu tohoto souboru.
Například:
[mysqld]
wait_timeout = 86400
max_allowed_packet = 1GB
PS. Takto vysoké parametry bych při skutečné výrobě nedoporučoval.