Nedávno jsem narazil na podobný problém s MySQL v jednom z mých produkčních systémů.
Jak komentátor poznamenal výše, problémem je vyhledávání zástupných znaků v textovém poli a zejména vedoucí % ve vyhledávání.
Snížili jsme vedoucí % a zkrátili jsme dobu potřebnou pro vyhledávací dotaz o několik řádů (od serverového drcení 60 sekund a více na „vůbec žádný čas“).
Alternativou by bylo použití fulltextového indexu nebo systému jako Lucene pro vyhledávání.